mikrobiologi

1. Jamur merupakan salah satu diantara tumbuh-tumbuhan rendah, pada golongan jamur dan ganggang (alga) merupakan kelanjutan dari golongan bakteri. Pada mekanisme pembentukannya dari bakteri menuju ganggang maupun dari ganggang menuju jamur menjadi sangat sukar ditentukan. Oleh karena itu perlu peninjauan secara morfologi maupun fisiologi untuk menemukan suatu golongan bakteri.

Ordo Chlamydobacteriales, yang dapat dipandang sebagai pangkal pertumbuhan golongan ganggang, hal ini dapat diketahui dari sifat-sifatnya mengenai adanya lapisan lender yang menyelubungi tubuh oorganisme tersebut, akan tetapi pembiakan dengan menggunakan konidia itu lebih memunculkan sifat jamur.

Ordo Actinomycetales dan Mycobacteriales sebaliknya, mempunyai ciri yang Nampak sekali terdapat pada golongan jamur. Misalnya : bentuk benang yang dapat disebut sebagai miselium, kemudian ciri-ciri mengenai fisologi kehidupan sebagai makhluk heterotrof. Kemudian ada juga fenomena yang menyebabkan orang menganggap, bahwa jamur itu sebenarnya ganggang yang kehilangan klorofil. Hal ini jelas Nampak pada golongan ganggang hijau dalam dalam hubungannya dengan jamur ganggang (Phycomycetes). Selanjutnya golongan jamur itu demikian luasnya, sehingga pengusahanya dibidang ilmu pengetahuan memerlukan keahlian tersendiri, bidang itu disebut mikologi. Hanya jamur-jamur tingkat rendah (mikrofungi) masuk bidang mikrobiologi.

Pada jamur tingkat rendah maupun tingkat tinggi tubuhnya memiliki ciri yang khas, yaitu berupa benang tunggal bercabang cabang yang disebut miselium, atau berupa kumpulan benang-benang yang padat menjadi satu. Hanya golongan Ragi (Saccharomycetes) itu tubuhnyaberupa sel-sel tunggal. Ciri kedua adalah jamur tidak memiliki klorofil, sehingga hidupnya terpaksa heterotroph. Sifat ini menguatkan pendapat bahwa jamur merupakan kelanjutan bakteri didalam evolusi.

Fungsi Jamur :
Secara umum jamur dapat dipergunakan untuk proses fermentasi, bahan makanan, pembuat alkohol, asam cuka, tape dan lain sebagainya.

KLASIFIKASI
Untuk mendapatkan gambaran dari golongan jamur seluruhnya dapat diberikan ikhtisarsebagi berikut :
Menurut ALEXOPOULOS, 1962. Thallophyta yang tidak berklorofil dibagi atas :

1. Phylum Schizomycophyta (Bakteri)
2. Phylum Myxomycophyta (Jamur Lenndir)
3. Phylum Eumycophyta (Jamur benar)

Jamur Eumycophyta terbagi atas klas, yaitu :
1. Klas Phycomycetes (Jamur ganggang)
2. Klas Ascomycetes
3. Klas Deuteromycetes atau fungi imperfecti (Jamur tak sempurna)
4. Klas Basidiomycetes.

Adapun yang penting dalam pembicaraan mikrobilogi adalah Klas Myxomycetes, Klas Phycomycetes, klas Ascomycetes dan klas Deuteromycetes. Perbedaan yang penting diantara klas Phycomycetes dan klas Ascomycetes ialah, bahwa miselium Phycomycetes itu serupa tabung panjang yang tidak terbagi-bagi, sedang miselium Ascomycetes itu serupa tabung panjang yang bersekat sekat. Miselium dapat bercabang-cabang lebat, suatu helaian cabang disebut hifa (hyphe). Tubuh Myxomycetes tidak terdiri atas hifa atau miselium, tetapi berupa seonggok plasma yang tidak selalu terwadahi dalam suatu sel.


REPRODUKSI JAMUR :
Jamur berkembangbiak secara vegetatif dan generatif dengan berbagai macam spora. Macam spora yang terjadi dengan tiada perkawinan ialah sebagai berikut :
a. Spora biasa yang terjadi karena protoplasma dalam suatu sel tertentu berkelompok-kelompok kecil, masing-masing mempunyai membran serta inti sendiri. Sel tempat terjadinya spora ini disebut sporangium, dan sporanya disebut sporangiospora.
b. Konidiospora, yaitu spora yang terjadi karena ujung suatu hifa berbelah-belah seperti tasbih. Didalam hal ini tidak ada sporangium, setiap spora disebut konidiospora atau konidia saja, sedangkan tangkai pembawa konidia disebut konidiofor.
c. Pada beberapa species , bagian-bagian miselium dapat membesar serta berdinding tebal, bagian itu merupakan alat perkembangbiakan yang disebut klamidospora (Chlamydospora = spora yang berkulit tebal).
d. Jika bagian-bagian miselium itu tidak menjadi lebih besar dari pada aslinya, maka bagian-bagian itu tidak menjadi lebih besar dari pada aslinya,maka bagian itu disebut artrospora (serupa batu bata), oidiospora atau oidio (serupa telur) saja.


2. Khamir adalah fungi ekasel (uniselular) yang beberapa jenis spesiesnya umum digunakan untuk membuat roti, fermentasi minuman beralkohol, dan bahkan digunakan percobaan sel bahan bakar. Kebanyakan khamir merupakan anggota divisi Ascomycota, walaupun ada juga yang digolongkan dalam Basidiomycota. Beberapa jenis khamir, seperti Candida albicans, dapat menyebabkan infeksi pada manusia (kandidiasis). Lebih dari seribu pesies khamir telah diidentifikasi. Khamir yang paling umum digunakan adalah Saccharomyces cerevisiae, yang dimanfaatkan untuk produksi anggur, roti, tape, dan bir sejak ribuan tahun yang silam dalam bentuk ragi. Karakteristik kultur Khamir dapat membentuk lapisan film di atas permukaan medium cair. Produksi pigmen karotenoid menandakan adanya pertumbuhan genus Rhodotorula. Sulit membedakan antara khamir dengan bakteri pada medium agar, kecuali dengan mikroskop. Koloni khamir yang masih muda biasanya lembab dan sering berlendir dengan warna putih beberapa berwarna merah muda. Khamir ada yang bersifat oksidatif, fermentatif ataupun keduanya. Khamir yang oksidatif dapat tumbuh dengan membentuk lapisan film pada permukaan medium cair sedang yang fermentatif biasanya tumbuh dalam cairan medium.
Yeast bukanlah hewan maupun tumbuhan. Namun tergolong dalam kelompok mikroskopik (yang hanya bisa dilihat dalam mikroskop) dari golongan jamur (fungi). Yeast yang dengan kata lain disebut dengan khamir adalah makhluk bersel satu yang terdiri dari sel-sel yang berbentuk oval ataupun bulat. Perkembangbiakannya dengan cara membelah diri.
3. PROTOZOA
Semua protozoa mempunyai vakuola kontraktil. Vakuola dapat berperan sebagai pompa untuk mengeluarkan kelebihan air dari sel, atau untuk mengatur tekanan osmosis. Jumlah dan letak vakuola kontraktil berbeda pada setiap spesies. Protozoa dapat berada dalam bentuk vegetatif (trophozoite), atau bentuk istirahat yang disebut kista. Protozoa pada keadaan yang tidak menguntungkan dapat membentuk kista untuk mempertahankan hidupnya. Saat kista berada pada keadaan yang menguntungkan, maka akan berkecambah menjadi sel vegetatifnya. Protozoa tidak mempunyai dinding sel, dan tidak mengandung selulosa atau khitin seperti pada jamur dan algae. Kebanyakan protozoa mempunyai bentuk spesifik, yang ditandai dengan fleksibilitas ektoplasma yang ada dalam membran sel.
Sebagian besar Protozoa berkembang biak secara aseksual (vegetatif) dengan cara :
pembelahan mitosis (biner), yaitu pembelahan yang diawali dengan pembelahan inti dan diikuti pembelahan sitoplasma, kemudian menghasilkan 2 sel baru.Pembelahan biner terjadi pada Amoeba. Paramaecium, Euglena. Paramaecium membelah secara membujur/ memanjang setelah terlebih dahulu melakukan konjugasi.Euglena membelah secara membujur /memanjang (longitudinal).

Spora, Perkembangbiakan aseksual pada kelas Sporozoa (Apicomplexa) dengan membentuk spora melalui proses sporulasi di dalam tubuh nyamuk Anopheles. Spora yang dihasilkan disebut sporozoid.
Seksual (Generatif)
Perkembangbiakan secara seksual pada Protozoa dengan cara :
1. KonjugasiPeleburan inti sel pada organisme yang belum jelas alat kelaminnya.
Pada Paramaecium mikronukleus yang sudah dipertukarkan akan melebur dengan makronukleus, proses ini disebut singami.
2. Peleburan gamet Sporozoa (Apicomplexa) telah dapat menghasilkan gamet jantan dan gamet betina. Peleburan gamet ini berlangsung di dalam tubuh nyamuk.
Klasifikasi
Protozoa memiliki 4 kelas yang dibedakan berdasarkan alat geraknya.

Klasifikasi Plasmodium sp
Domain : Eukariot
Filum : Apicomplexa
Kelas : Aconoidasida
Ordo : Haemosporida
Famili : Plasmodiidae
Genus : Plasmodium
Spesies : Plasmodium SP
Siklus hidup Plasmodium amat rumit. Sporozoit dari liur nyamuk betina yang mengigit disebarkan ke darah atau sistem limfa penerima. Penting disadari bahwa bagi sebagian spesies vektornya mungkin bukan nyamuk.
Nyamuk dalam genus Culex, Anopheles, Culiceta, Mansonia dan Aedes mungkin bertindak sebagai vektor. Vektor yang diketahui kini bagi malaria manusia (>100 spesies) semuanya tergolong dalam genus Anopheles. Malaria burung biasanya dibawa oleh spesies genus Culex. Siklus hidup Plasmodium diketahui oleh Ross yang menyelidiki spesies dari genus Culex.
Sporozoit berpindah ke hati dan menembus hepatosit. Tahap dorman bagi sporozoit Plasmodium dalam hati dikenal sebagai hipnozoit. Dari hepatosit, parasit berkembang biak menjadi ribuan merozoit, yang kemudian menyerang sel darah merah.
Di sini parasit membesar dari bentuk cincin ke bentuk trofozoit dewasa. Pada tahap skizon, parasit membelah beberapa kali untuk membentuk merozoit baru, yang meninggalkan sel darah merah dan bergerak melalui saluran darah untuk menembus sel darah merah baru. Kebanyakan merozoit mengulangi siklus ini secara terus-menerus, tetapi sebagian merozoit berubah menjadi bentuk jantan atau betina (gametosit) (juga dalam darah), yang kemudiannya diambil oleh nyamuk betina.
Dalam perut tengah nyamuk, gametosit membentuk gamet dan menyuburkan satu sama lain, membentuk zigot motil yang dikenal sebagai ookinet. Ookinet menembus dan lepas dari perut tengah, kemudian membenamkan diri pada membran perut luar. Di sini mereka terbelah berkali-kali untuk menghasilkan sejumlah besar sporozoit halus memanjang. Sporozoit ini berpindah ke kelenjar liur nyamuk, di mana ia dicucuk masuk ke dalam darah inang kedua yang digigit nyamuk. Sporozoit bergerak ke hati di mana mereka mengulangi siklus ini.


ALGAE
Bentuk tubuh ada yang bulat, filament, lembaran, dan ada yang menyerupai tumbuahn tinggi, misalnya bryopsis, Tubuh alga menunjukkan keanekaragaman yang sangat besar, tetapi sernua selnya selalau jelas mempunyal inti dan plastida dan dalam plastidnya terdapat zat-zat warna derivat kiorofil yaltu kiorofil a, b atau kedua-duanya. Selain derivat-derivat klorofil terdapat pula zat-zat warna lain yang justru kadang-kadang lebih inenonjol dan menyebabkan ketompok-kelompok ganggang tertentu diberi nama menurut warna tadi.
Klasifikasi Alga
Alga yang hidup melayang-layang di permukaan air disebut neuston, sedangkan yang hidup di dasar perairan disebut bersifat bentik. Alga yang bersifat bentik digolongkan menjadi :
a. epilitik (hidup di atas batu)
b. epipalik (melekat pada lumpur atau pasir)
c. epipitik (melekat pada tanaman)
d. epizoik (melekat pada hewan).
Reproduksi Alga
Alga bereproduksi melalui dua cara yaitu seksual dan aseksual. Reproduksi secara aseksual terjadi melalui pembelahan sel, fragmentasi, dan pembentukan zoospora. Reproduksi secara seksual terjadi melalui isogami dan oogami.
Reproduksi Aseksual
Reproduksi aseksual terjadi melalui pembelahan sel menghasilkan dua sel anak yang masing-masing akan menjadi individu baru. Reproduksi dengan cara pembelahan sel umumnya terjadi pada alga bersel tunggal. Alga berbentuk koloni tanpa filamen atau yang berbentuk filamen umumnya bereproduksi melalui fragmentasi. Fragmentasi adalah terpecah-pecahnya koloni menjadi beberapa bagian. Selain melalui pembelahan sel dan fragmentasi, alga juga dapat bereproduksi melalui pembentukan zoospora. Zoospora merupakan sel tunggal yang diselubungi oleh selaput dan dapat bergerak atau berenang bebas dengan menggunakan satu atau lebih flagela. Setiap zoospora merupakan calon individu baru.



4. Rekombinasi Genetik
Adalah pemindahan secara langsung bahan genetic (DNA) di antara dua sel bakteri melalui proses berikut:

1. Transformasi
Transformasi adalah perpindahan materi genetik berupa DNA dari sel bakteri yang satu ke sel bakteri yang lain. Pada proses transformasi tersebut ADN bebas sel bakteri donor akan mengganti sebagian dari sel bakteri penerima, tetapi tidak terjadi melalui kontak langsung. Cara transformasi ini hanya terjadi pada beberapa spesies saja, . Contohnya : Streptococcus pnemoniaeu, Haemophillus, Bacillus, Neisseria, dan Pseudomonas. Diguga transformasi ini merupakan cara bakteri menularkan sifatnya ke bakteri lain. Misalnya pada bakteri Pneumococci yang menyebabkan Pneumonia dan pada bakteri patogen yang semula tidak kebal antibiotik dapat berubah menjadi kebal antibiotik karena transformasi. Proses ini pertama kali ditemukan oleh Frederick Grifith tahun 1982.




2. Transduksi
Transduksi adalah pemindahan materi genetik bakteri ke bakteri lain dengan perantaraan virus. Selama transduksi, kepingan ganda ADN dipisahkan dari sel bakteri donor ke sel bakteri penerima oleh bakteriofage (virus bakteri). Bila virus – virus baru sudah terbentuk dan akhirnya menyebabkan lisis pada bakteri, bakteriofage yang nonvirulen (menimbulakan respon lisogen) memindahkan ADN dan bersatu dengan ADN inangnya, Virus dapat menyambungkan materi genetiknya ke DNA bakteri dan membentuk profag. Ketika terbentuk virus baru, di dalam DNA virus sering terbawa sepenggal DNA bakteri yang diinfeksinya. Virus yang terbentuk memiliki dua macam DNA yang dikenal dengan partikel transduksi (transducing particle). Proses inilah yang dinamakan Transduksi. Cara ini dikemukakan oleh Norton Zinder dan Jashua Lederberg pada tahun 1952.



3. Konjugasi
Konjugasi adalah bergabungnya dua bakteri (+ dan –) dengan membentuk jembatan untuk pemindahan materi genetik. Artinya, terjadi transfer ADN dari sel bakteri donor ke sel bakteri penerima melalui ujung pilus. Ujung pilus akan melekat pada sel peneima dan ADN dipindahkan melalui pilus tersebut. Kemampuan sel donor memindahkan ADN dikontrol oleh faktor pemindahan ( transfer faktor = faktor F )



5. Enzim adalah suatu protein dan dihasilkan oleh sel hidup. Enzim adalah protein yang mempunyai fungsi khusus. Enzim bekerja dalam mengkatalisis reaksi kimia (biokimia) yang berlangsung di dalam sel itu sendiri. Aktivitas enzim ternyata dipengaruhi banyak faktor. Faktor-faktor tersebut menentukan efektivitas kerja suatu enzim. Apabila faktor pendukung tersebut berada pada kondisi yang optimum, maka kerja enzim juga akan maksimal. Beberapa faktor yang mempengaruhi kerja enzim:
a. Substrat – Enzim mempunyai spesifitas yang tinggi. Apabila substrat cocok dengan enzim maka kinerja enzim juga akan optimal.
b. pH (keasaman) – Enzim mempunyai kesukaan pada pH tertentu. Ada enzim yang optimal kerjanya pada kondisi asam, namun ada juga yang optimal pada kondisi basa. Namun kebanyakan enzim bekerja optimal pada pH netral.
c. Waktu – Waktu kontak/reaksi antara enzim dan substrat menentukan efektivitas kerja enzim. Semakin lama waktu reaksi maka kerja enzim juga akan semakin optimum.
d. Konsentrasi / jumlah enzim – Konsentrasi enzim berbanding lurus dengan efektivitas kerja enzim. Semakin tinggi konsentrasi maka kerja enzim akan semakin baik dan cepat.
e. Suhu – Seperti juga pH. Semua enzim mempunyai kisaran suhu optimum untuk kerjanya.
f. Produk Akhir – Reaksi enzimatis selalu melibatkan 2 hal, yaitu substrat dan produk akhir. Dalam beberapa hal produk akhir ternyata dapat menurunkan produktivitas kerja enzim.